Home About Browse Search
Svenska


Genetic diversity of domestic sheep

examples from Swedish and French populations

Rochus, Christina Marie (2017). Genetic diversity of domestic sheep. Diss. (sammanfattning/summary) Uppsala : Sveriges lantbruksuniv., Acta Universitatis agriculturae Sueciae, 1652-6880 ; 2017:52
ISBN 978-91-576-8877-4
eISBN 978-91-576-8878-1
[Doctoral thesis]

[img]
Preview
PDF
506kB

Abstract

Domestic sheep are raised for meat, milk and fibre production and are found all around the world in many types of environments. Sheep have been shown to be genetically diverse but this genetic diversity has not been fully described: there are still many sheep populations which have not yet been studied. The purpose of this thesis was to study genetic diversity in Swedish and French sheep breeds using high density marker arrays. Additional methods, including genotyping of microsatellite markers, and endogenous retroviruses and pedigree information were used to study Swedish sheep populations. Inbreeding and heterozygosity estimated in Gute sheep using the pedigree of the entire registered Swedish population and additionally microsatellite genotypes and pedigree from a sample of the population (N=94) indicated a breeding program with the purpose of reducing inbreeding. Studying genetic relationships among breeds by genotyping endogenous retroviruses indicated Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had characteristics of primitive breeds (absence of retroviruses or presence of the specific retrovirus event enJSRV-7) although Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had moderate frequencies of enJSRV-18 which is indicative of more modern sheep breeds. Studying variants in two coat colour genes, ASIP and MC1R, and their association with black coat colour revealed different selection histories in five Swedish sheep breeds studied. Studying the population structure of Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute and Klövsjö sheep, using high density SNP genotyping revealed that these breeds are genetically distinct breeds. When comparing with other European breeds and south west Asian breeds, they grouped with other north European short-tailed sheep breeds and they had generally accumulated more drift than breeds from other geographical areas. Studying 27 French breeds with high density genotypes revealed that French sheep populations harbour much of European sheep diversity in a small geographic area. Selective sweeps identified: selection hotspots, selection targets in many species; introgression of an adaptive allele; and allelic heterogeneity, which was confirmed with targeted resequencing of a coat colour gene, MC1R, in breeds under selection.

Authors/Creators:Rochus, Christina Marie
Title:Genetic diversity of domestic sheep
Subtitle:examples from Swedish and French populations
Alternative abstract:
LanguageAbstract
Swedish

Tamfår föds upp för kött-, mjölk- och ullfiberproduktion och finns över hela världen i många typer av miljöer. Får har visat sig vara genetiskt variabla men denna genetiska mångfald har inte beskrivits fullständigt. Det finns fortfarande många fårpopulationer som ännu inte har studerats. Syftet med denna avhandling var att studera genetisk mångfald i svenska och franska fårraser med hjälp av genetiska markörer med hög densitet. Ytterligare metoder, inklusive genotypning av mikrosatellitmarkörer, och endogena retrovirus och härstamningsinformation användes för att studera svenska fårpopulationer. Inavel och heterozygotigrad som beräknats hos gutefår med hjälp av stamtavlan för hela den registrerade svenska populationen och dessutom mikrosatellitgenotyper och stamtavla från ett stickprov från populationen (N=94) indikerade ett avelsprogram med syfte att minska inavel. Studier av genetiska relationer bland raser genom genotypning av endogena retrovirus indikerade att Klövsjöfår, Värmlandsfår, Finullsfår, Gutefår och Roslagsfår hade egenskaper som är kännetecknande för primitiva raser (frånvaro av retrovirus eller närvaro av den specifika retrovirushändelsen enJSRV-7), även om Finullsfår, Gutefår och Roslagsfår hade moderata frekvenser av enJSRV-18 vilket indikerar mer moderna fårraser. Studier av varianter i två gener för pälsfärg, ASIP och MC1R, och deras association med svart pälsfärg avslöjade olika urvalshistorier i fem svenska fårraser som studerades. Studier av populationsstrukturen hos Dalapälsfår, Fjällnäsfår, Gotlandsfår, Gutefår och Klövsjöfår, genom användning av SNP-genotyper med hög densitet visade att dessa raser är genetiskt separata raser. När man jämförde med andra europeiska raser och sydvästasiatiska raser grupperade de sig med andra nordeuropeiska kortsvansfår och de hade generellt ackumulerat mer drift än raser från andra geografiska områden. Studier av 27 franska raser med genotyper med hög densitet visade att franska fårpopulationer hyser mycket av mångfalden hos europeiska får i ett litet geografiskt område. Selektiva svep identifierade: hotspots för selektion, urvalsmål i många arter; Introgression av en adaptiv allel; och allelisk heterogenitet, som bekräftades med målinriktad sekvensering av en gen för pälsfärg, MC1R, i raser under selektion.

French

Les moutons domestiques sont élevés pour la production de viande, de lait et de laine et sont retrouvés partout dans le monde dans des environnements variés. On a montré que les moutons présentaient une certaine diversité génétique, mais celle-ci n'a pas été complètement caractérisée: il existe encore de nombreuses populations de moutons qui n'ont pas été étudiées. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génétique dans des races de moutons suédoises et françaises, en utilisant puces de marqueurs de haute densité. De plus, dans les populations suédoises, d’autres méthodes ont été utilisées: le génotypage de marqueurs microsatellites, de séquences de rétrovirus endogènes et les données de pedigree. Dans la population Gute, l’estimation du niveau de consanguinité et d’'hétérozygotie, en utilisant le pedigree de toute la population suédoise enregistrée, ainsi que le pedigree et des génotypages de microsatellites complémentaires d'un échantillon de la population (N = 94) ont indiqué un schéma de sélection orienté vers une réduction de la consanguinité. L'étude des relations génétiques entre les races grâce au génotypage de rétrovirus endogènes a montré que les races ovines Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute et Roslag avaient des caractéristiques de races primitives (absence de rétrovirus ou présence de la séquence rétrovirale spécifique enJSRV-7) tandis que les races ovines Finewool, Gute et Roslag avaient des fréquences modérées de enJSRV-18, ce qui signe des races de moutons plus modernes. L'étude des variants de deux gènes de coloration de la toison, ASIP et MC1R, et leur association avec la couleur noire a révélé différentes histoires de sélection dans cinq races de moutons suédoises étudiées. L'étude de la structure des populations de moutons Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute et Klövsjö, grâce au génotypage de puces SNP à haute densité a révélé que ces races sont génétiquement distinctes. Leur comparaison avec d'autres races européennes et des races du Sud-Ouest asiatique les rapproche d'autres races de moutons à queue courte du nord de l'Europe et montre qu’elles ont accumulé plus de dérive génétique que les races provenant d'autres zones géographiques. L'étude de 27 races françaises avec des génotypages de puces à haute densité a révélé que les populations de moutons français abritent une grande partie de la diversité des moutons européens au sein d’une petite région géographique. Les balayages sélectifs ont montré : des points chauds de sélection, des cibles de sélection partagées par de nombreuses espèces, l’introgression d'un allèle adaptatif et une hétérogénéité allélique, qui a été confirmée par le reséquençage ciblé d'un gène de couleur de la toison, MC1R, dans des races sous sélection.

Series/Journal:Acta Universitatis agriculturae Sueciae (1652-6880)
Year of publishing :2017
Depositing date:16 May 2017
Volume:2017:52
Number of Pages:64
Papers/manuscripts:
NumberReferences
IRochus, C.M., Johansson, A.M. (2017). Estimation of genetic diversity in Gute sheep: pedigree and microsatellite analyses of an ancient Swedish breed. Hereditas 154:4, doi:10.1186/s41065-017-0026-4.
IIMukiibi, R., Rochus, C.M., Andersson, G., Johansson, A.M. (2015). The use of endogenous retroviruses as markers to describe the genetic relationships among local Swedish sheep breeds. Animal Genetics 46, 220-223.
IIIRochus, C.M., Westberg Sunesson, K., Jonas, E., Mikko, S., Johansson, A.M. Mutations in ASIP and MC1R: Dominant black and recessive black alleles segregate in native Swedish sheep populations (manuscript).
IVRochus, C.M., Tortereau, F., Plisson-Petit, F., Restoux, G., Moreno-Romieux, C., Tosser-Klopp, G., Servin, B. (2017). Revealing the selection history of adaptive loci using genome-wide scans for selection: an example from domestic sheep (manuscript in bioRxiv https://doi.org/10.1101/103010).
VRochus, C.M., Jonas, E., Johansson, A.M. Population structure of five native sheep breeds of Sweden estimated with high density SNP genotypes (manuscript).
Place of Publication:Uppsala
Publisher:Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences
ISBN for printed version:978-91-576-8877-4
ISBN for electronic version:978-91-576-8878-1
ISSN:1652-6880
Language:English
Additional Information:The research presented in this doctoral thesis was conducted under the joint auspices of the Swedish University of Agricultural Sciences, AgroParisTech (Université Paris-Saclay) and Institut National de la Recherche Agronomique and is part of the Erasmus Mundus Joint Doctorate programme “European Graduate School in Animal Breeding and Genetics”.
Publication Type:Doctoral thesis
Full Text Status:Public
Agris subject categories.:L Animal production > L10 Animal genetics and breeding
Subjects:(A) Swedish standard research categories 2011 > 4 Agricultural Sciences > 404 Agricultural Biotechnology > Genetics and Breeding
Agrovoc terms:sheep, genetic variation, population structure, genetic markers, selection, retroviridae, analytical methods, microsatellites, colour, dominant genes, animal breeding, france, sweden
Keywords:sheep, genetic diversity, population structure, allelic heterogeneity, signatures of selection, coat colour, ASIP, MC1R, endogenous Jaagiekte retroviruses, får, genetisk mångfald, populationsstruktur, allelisk heterogenitet, spår av selektion, pälsfärg, endogena Jaagiekte retrovirus, mouton, diversité génétique, structure de la population, hétérogénéité allélique, signatures de sélection, couleur de la toison, rétrovirus endogènes Jaagiekte
URN:NBN:urn:nbn:se:slu:epsilon-e-4170
Permanent URL:
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:slu:epsilon-e-4170
ID Code:14322
Faculty:VH - Faculty of Veterinary Medicine and Animal Science
Department:(VH) > Dept. of Animal Breeding and Genetics
External funders:European Commission
Deposited By: Christina Marie Rochus
Deposited On:17 May 2017 11:36
Metadata Last Modified:07 Jun 2017 21:31

Repository Staff Only: item control page

Downloads

Downloads per year (since September 2012)

View more statistics

Downloads
Hits